O Planejamento Estratégico da SEAGRI, com horizonte até 2031, tem como objetivo promover o desenvolvimento sustentável da agropecuária no Distrito Federal e contribuir para a segurança alimentar. Alinhado ao Plano Plurianual (PPA) e ao Planejamento Estratégico do Distrito Federal, este planejamento estabelece processos, procedimentos e metas para atingir os objetivos institucionais.
O Subcomitê de Planejamento Estratégico, criado pela Portaria nº 239, de 28 de agosto de 2024, realiza reuniões mensais para propor projetos e ações estratégicas. Suas competências incluem a validação do ciclo de gestão estratégica, a execução de projetos e ações, a emissão de recomendações e a elaboração de relatórios semestrais.